Gazeteci Şahin Alpay 27 Temmuz 2016 tarihinde gözaltına alındı. 30 Temmuz 2016’da tutuklandı. Anayasa Mahkemesi Şahin Alpay’ın tutuklanmasını (B. No: 2018/3007) 15 Mart 2018 tarihli kararı ile “kişi hürriyeti ve güvenliği hakkının ihlal edildiğine”, ve “kararın bir örneğinin başvurucunun tutukluluk halinin sona erdirilmesi suretiyle ihlalin ve sonuçlarının ortadan kaldırılması için İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesine” gönderilmesine karar verdi. 
İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 2018/133 Değişik İş sayılı ve 16 Mart 2018 tarihli kararı ile Şahin Alpay’ın “tahliyesine” ve yurtdışını çıkış yasağı ile birlikte “konutunu terk etmemek” şeklindeki adli kontrol tedbirinin uygulanmasına karar verdi.
İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 6216 sayılı Anayasa Mahkemesinin Kuruluşu ve Yargılama Usulleri Hakkında Kanun'un 66/1 maddesine göre Anayasa Mahkemesi kararları kesindir ve Devletin “yasama, yürütme ve yargı organlarını, idare makamlarını, gerçek ve tüzel kişileri bağlar” gerekçesiyle “tahliye” kararı verdi.
AYM Genel Kurulu 11 Ocak 2018 tarihli kararıyla Başvurucu Şahin Alpay için Anayasa ile güvence altına alınan kişi hürriyeti ve güvenliği hakkı ile ifade ve basın özgürlüklerinin ihlal edildiğine” karar vermişti (Şahin Alpay. Genel kurul B. No: 2016/16092, 11/1/2018, §§ 111, 147). İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi AYM kararı nedeniyle tutukluluk halinin kaldırılması yönündeki tahliye taleplerini iki kez, karara yapılan itirazlar da İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından iki kez reddedilmişti.
Şahin Alpay’ın tahliye taleplerini ve tutukluluğa ilişkin itirazlarını kabul etmeyen İstanbul 13 ve 14 Ağır Ceza Mahkemeleri temel olarak;
i.                     Anayasa Mahkemesinin bireysel başvurularda yargılamanın yapıldığı mahkemenin yerine geçerek delilleri değerlendirip kanun yolunda gözetilmesi gereken hususları inceleyemeyeceği ve yerindelik denetimi yapamayacağı, yerel mahkemece delil durumu takdir edilerek tutukluluk kararı verilmişse Anayasa Mahkemesince delillerin yetersiz olması nedeniyle ihlal kararı verilemeyeceği, dolayısıyla Anayasa Mahkemesinin davanın esasına girerek karar vermesinin "görev gaspı" niteliğinde bulunduğu, Mahkemenin yasal sınırların dışına çıkarak vermiş olduğu söz konusu kararın kesin ve bağlayıcı olduğundan söz edilemeyeceği,
ii.                   Anayasa Mahkemesi kararının otomatik olarak başvurucunun tahliyesi sonucunu doğuracağını kabul etmenin mahkemelerin bağımsızlığı, mahkemelere emir ve talimat verilemeyeceği ve telkinde bulunulamayacağı yönündeki düzenlemelere aykırı olduğu,
iii.                  Başvurucunun yazılarının yanı sıra televizyon programlarındaki konuşmaları ve sosyal medyadaki paylaşımları birlikte değerlendirildiğinde FETÖ/PDY'nin hedef ve amacı doğrultusunda hareket ettiğine dair kuvvetli suç şüphesinin varlığını gösterir somut deliller bulunduğu,
iv.                 Anayasa Mahkemesinin başvurucu hakkındaki ihlal kararı doğrultusunda tutukluluğa ilişkin ayrıntılı gerekçe yazılması halinde "ihsas-ı rey yasağına" aykırı hareket edilmiş olacağı,
gerekçelerine dayanmışlardı (AYM Kararından).

Bunun üzerine; Şahin Alpay hakkındaki ceza davası ve tutukluluk hali sürürken Başvurucu adına Avukat Aynur Yazgan Tuncel; Anayasa Mahkemesinin ihlal kararının ilk derece mahkemeleri tarafından uygulanmadığı için hakkın ihlal edildiği iddiasıyla Anayasa Mahkemesine yeniden bireysel başvuruda bulundu.
Anayasa Mahkemesine göre, Başvurucunun iddiaları ile ilgili Anayasa'nın 19/(3) maddesinde yer alan “suçluluğu hakkında kuvvetli belirti bulunan kişiler ... tutuklanabilir." denildiğine göre “tutuklama tedbirine” başvurmak için anayasal güvencelerden biri olan kişinin suç işlendiğine dair "kuvvetli belirti" bulunması şartı nedeniyle; Anayasa Mahkemesi suç işlendiğine dair kuvvetli belirtinin bulunup bulunmadığını inceler, incelemelidir. Bu yetki ve görev Anayasa Mahkemesi için anayasal bir zorunluluktur.

Tutuklamanın ön koşulu olan suçun işlendiğine dair kuvvetli belirtinin bulunup bulunmadığının değerlendirilmesi öncelikle anılan tedbiri uygulayan yargı mercilerine aittir. Bununla birlikte yargı mercilerinin belirtilen hususlardaki değerlendirmesi Anayasa Mahkemesinin denetimine tabidir. AYM, bu husustaki denetimi, özellikle tutuklamaya ilişkin süreç ve tutuklama kararının gerekçeleri üzerinden yapar.
Anayasa Mahkemesi başvurucu hakkındaki kararını bu kapsam ve yönteme uygun olarak vermiştir. O halde derece Mahkemelerinin görüşünün aksine; AYM’nin önceki kararı "kanun yolunda gözetilmesi gereken bir hususun incelenmesi" veya "yerindelik denetimi" olarak nitelendirilemez. AYM’nin bu incelemesi devam eden yargılamanın “olası” sonuçlarından bağımsızdır ve “tutuklamanın hukukiliğinin değerlendirilmesiyle” sınırlıdır. Bu itibarla AYM’nin “tutuklama” hakkındaki anılan ihlal kararının, başvurucu hakkındaki ceza davasının esasına ilişkin bir değerlendirme içerdiği söylenemez.
“Anayasa Mahkemesi kararları kesindir. Bu kararlar yasama, yürütme ve yargı organlarını, idare makamlarını, gerçek ve tüzel kişileri bağlar. Dolayısıyla Anayasa Mahkemesinin başvurucu hakkında verdiği ihlal kararının nihai ve bağlayıcı olduğunda kuşku bulunmamaktadır. Buna göre Anayasa Mahkemesinin vermiş olduğu ihlal kararları başka bir merci tarafından Anayasa'ya veya Kanun'a uygunluk yönünden denetlenemez. Başvurucunun tahliye taleplerini karara bağlayan derece mahkemelerinin aksi yöndeki değerlendirmelerinin anayasal veya yasal bir dayanağı bulunmamaktadır.”

İlk derece mahkemelerinin görevi ve yetkisi; “Anayasa Mahkemesinin görev ve yetkilerinin kapsamını değerlendirmek” değil, AYM tarafından tespit edilen ihlali ve sonuçlarını ortadan kaldırmaktır. Bu zorunluluk, Anayasa'ya göre “mahkemelere verilmiş bir emir veya talimatın yerine getirilmesi değil, bir hukuk devletinde mahkemeye erişim hakkının hayata geçirilmesidir.”
Bu itibarla suç işlediğine dair "kuvvetli belirtinin” bulunmaması nedeniyle verilen ihlal kararına rağmen başvurucunun tutukluluğunun sonlandırılmamış olması Anayasa'nın 19. maddesinde yer alan güvencelere aykırıdır.
Sonuç olarak “mahkemeye erişim hakkının sağladığı güvencelerle de bağdaşmayacak şekilde Anayasa Mahkemesinin tutukluluğa ilişkin ihlal kararının uygulanmaması nedeniyle” kişi hürriyeti ve güvenliği hakkı ihlal edilmiştir. Bu nedenle Anayasa Mahkemesi Başvurucunun “tutukluluk halinin” hâlen sürmesi nedeniyle “tespit edilen ihlalin niteliği dikkate alındığında bu ihlalin ve sonuçlarının ortadan kaldırılması için başvurucunun tutukluluk durumunun sona erdirilmesi dışında bir imkân kalmadığı” gerekçesiyle “ihlalin nasıl ortadan kaldırılacağı” hakkında bir karar vermiştir. Karar bu yönüyle; ilginçtir. Çünkü AYM; “başvurucunun tutukluluk durumunun sona erdirilmesi suretiyle ihlalin ve sonuçlarının ortadan kaldırılması için” kararın Mahkemesine gönderilmesine karar vermiştir.
Sözün özü; daha başında Anayasa Mahkemesinin ilk kararına uymak gerekirdi…Sonra, olmaz.
Anlaşmalıyız; insan olarak “ben” demekten kurtulmalıyız, yargıyı “ben” diyenlerden kurtarmalıyız…
Demokratik hukuk devletiysek, insan hakları ve adaleti sağlamakla görevli olan yargı ve devlet; dediğim dediktir, yargı benim, ben devletim, ben ne dersem o olur, sadece benim kararım doğrudur, benim kararım kanuni ve hukukidir, başka doğru yoktur, ben yaparım, ben ederim anlayışıyla davranamaz, davranmamalıdır.
Anayasa Mahkemesi bu kararla demokratik hukuk devletinde bireysel başvuru hakkı “vardır” dedi. İnsan hakları hakkında birçok görüş ve çeşitli yargı kararları olabilir; ama “gerçek” tekdir.  Devlet hak ihlal edemez, temel hak ve özgürlükleri korumakla görevlidir.
AYM kararları kesindir. Devletin yasama, yürütme ve yargı organlarını, idare makamlarını, gerçek ve tüzel kişileri bağlar. Ben devletim ne istersem yaparım diyemezsiniz ve yapamazsınız!
Bir an dahi kişiyi özgürlüğünden mahrum bırakamazsınız. Özgürlüğün, sonrası yoktur. Yargı kesin kararıyla “tahliye et ve hak ihlalini sonlandır” demişse eğer; o an kişiyi salıvermek zorundasınız. Anlayış olarak “ben” demeyen yargı, adalet sağlar.  
Yargının, yürütmenin, yasamanın, hukukun, adaletin ve devletin tek gerçeği, insan haklarıdır.