Spor Toto 3'üncü Lig'de 2012-2013 sezonunda geçerli olacak olan Spor Toto 3.Lig statüsü yürürlüğe girdi.
Spor Toto 3. Ligi, bir önceki sezonun aksine  sonunda Spor Toto 2. Lig'den düşen 6 takım ile Bölgesel Amatör Lig müsabakaları sonucunda Spor Toto 3. Lige yükselen 9 takım ve Spor Toto 3. Ligi'nde yer alan 39 takımın katılımı ile toplam 54 takımdan oluşacak ve 3'erli 18 takım halinde takımlar mücadele edecek.

YAŞ SINIRLAMASI
2012-2013 sezonundan itibaren Spor Toto 3.Ligi kulüpleri ancak 01.01.1988 ve daha sonra doğmuş olan futbolcular ile sözleşme imzalayabilirler ve müsabakalarda bu futbolcuları oynatabilirler.
Spor Toto 3.Ligi kulüpleri ayrıca 31.12.1987 ile 31.12.1982 tarihleri arasında doğmuş en fazla 6 futbolcu ile sözleşme imzalayabilirler. Geçmiş sezonlardan sözleşmesi devam eden 31.12.1987 ile 31.12.1982 tarihleri arasında doğmuş olan futbolcular bu kontenjan dâhilinde kabul edilir. Kulüpler, müsabakalarda söz konusu 6 futbolcunun tamamını 18 kişilik müsabaka isim listesine yazabilirler.
Ancak kulüpler müsabakalarda bu madde kapsamındaki 6 futbolcudan en fazla 4 tanesini aynı anda oynatabilirler. Spor Toto 3. Liginde yabancı uyruklu futbolcu oynayamaz.

SON 3 TAKIM
KÜME DÜŞECEK
Spor Toto 3. Lig 18'er takımlı üç grupta çift devreli lig usulüne göre oynanır. Spor Toto 3. Lig'de çift devreli lig müsabakaları sonunda gruplarda 16'ncı, 17'inci  ve 18'nci  sıraları alan 3 takım olmak üzere toplam 9 takım Bölgesel Amatör Lig'e düşerler.