İkinci Amatör Kümede bu sezon 4 takım erken pes etti. Merkezde Doğanspor ile Merkez Topbaşıspor, Ereğlide Neyren Gökçelerspor, Çaycumada Cumaspor, ekonomik nedenler ve iddiaları kalmaması nedeniyle ligden çekildiler.
İkinci Amatör Kümede 2008-09 sezonunda Doğanspor, Merkez Topbaşıspor, Neyren Gökçelerspor ve Cumaspor, ekonomik nedenler ve iddialarının kalmaması üzerine ligden çekildiler.
Kilimli Grubunda sezon başında lige katılan takımın az olması nedeniyle Bölümspor ile Doğanspor, Merkez Grubuna dahil edilmişti. Doğanspor, daha sezonun başında havlu atarak yokum dedi. Doğansporun ardından yine Merkez Grubunda mücadele eden Merkez Topbaşıspor, Bölümspor maçında çıkan olayların ardından birçok futbolcusunun ceza alması nedeniyle ligden çekilme kararı aldı. Ereğli Grubunda Neyren Gökçelerspor, iddiası kalmaması üzerine ligden çekilen 3üncü takım oldu. Ligden çekilen takımlar kervanına son olarak Ereğli Grubunda Cumaspor oldu.