İkinci Amatör Küme’de bu sezon 4 takım erken pes etti. Merkezde Doğanspor ile Merkez Topbaşıspor, Ereğli’de Neyren Gökçelerspor, Çaycuma’da Cumaspor, ekonomik nedenler ve iddiaları kalmaması nedeniyle ligden çekildiler.

İkinci Amatör Küme’de 2008-09 sezonunda Doğanspor, Merkez Topbaşıspor, Neyren Gökçelerspor ve Cumaspor, ekonomik nedenler ve iddialarının kalmaması üzerine ligden çekildiler.

Kilimli Grubu’nda sezon başında lige katılan takımın az olması nedeniyle Bölümspor ile Doğanspor, Merkez Grubu’na dahil edilmişti. Doğanspor, daha sezonun başında havlu atarak ‘yokum’ dedi. Doğanspor’un ardından yine Merkez Grubu’nda mücadele eden Merkez Topbaşıspor, Bölümspor maçında çıkan olayların ardından birçok futbolcusunun ceza alması nedeniyle ligden çekilme kararı aldı. Ereğli Grubu’nda Neyren Gökçelerspor, iddiası kalmaması üzerine ligden çekilen 3’üncü takım oldu. Ligden çekilen takımlar kervanına son olarak Ereğli Grubu’nda Cumaspor oldu.